Recentemente a Sepaq conseguiu assento no conselho gestor da APA Tucuruí e participa ativamente dos debates a respeito da hidrovia no rio Tocantins e do derrocamento do pedral do Lourenço, localizado em Itupiranga. Outros assuntos importantes para o desenvolvimento sustentável da região do lago da UHE Tucuruí também são abordados pela secretaria, através da coordenação regional do Lago Tucuruí.